阿里巴巴跟代运营公司是一个合作关系。阿里巴巴会有新商家入驻，也会有老商家遇到各种各样的问题，代运营公司帮助新商家解决操作难问题，解决老商家遇到的问题，能使商家在阿里平台顺利过渡到平稳期，长期扎根于阿里平台。
另外代运营公司受阿里的监督，对于不符合阿里要求，损害商家利益的代运营公司，阿里会给予警告、清退等处理，并官方发布处罚信息。且监督的过程是一个长期的过程，正规的代运营公司一直都要恪守行为，符合阿里规范。
阿里对代运营公司的看法由此可见，大方向上阿里是认可代运营公司的，但在小方向上正规的代运营公司阿里会提供机会也长期监督，不正规的予以处理警告清退。